私も微妙に同じ状況です。
環境は Win2k Pro+SP3 Becky! 2.05.07 です。
基本的には問題なく、リストビューが表示されるのですが、
今まで2件、文字化けがありました。

件名の"[  "(開き括弧と半角スペース×2)→"[・"
差出人の"S "(半角のSと半角スペース×1)→"S・ "
(コピー等できないのですが、このように見えます)

ヘッダをみても、特に問題なさそうです。
いずれのメールも、Winbiff から送られてきたものでした。
(Winbiff のバージョンは 2.42 と 2.34beta4 です)
相手先のメーラーとの相性などがあるのでしょうか。

何かご存知の方、解決策をご教示下さい。
宜しくお願い致します。