はじめまして。
私も、サーバー側のメールが削除出来たり出来なかったりする
原因不明のトラブルに数ヶ月前から遭遇しています。
使っているのは、 Ver 2.11.02 日本語版です。
会社のPCでぷららとＯＣＮのプロバイダのメールを見ているのですが、
経験的に分かっている症状としては、
(1) ぷららのメールサーバーでは、トラブルは起こったことがない。
(2) ＯＣＮのメールサーバーでよく起こる。
     毎朝削除の操作を行っているのですが、50％以上の確率で
　　発生します（２日に１回）。
(3) 一度削除できなくても、何度か繰り返していると削除できる
    （通常、２〜３回で削除できる）
(4) メールサーバーにたまっているメールの件数が多い場合に、
    この症状が起こりやすい（私の場合、100件〜200件貯めて
    いることが多いです）

さきほどログを取ってみましたが、
削除できた場合には、
  DELE 1
  +OK Deleted.
  QUIT
  +OK Bye-bye.
というログが表示されました。
しかしながら、削除できたにもかかわらず、ログに何も表示されないこともありました。
一方、削除できなかった場合には、何も表示されませんでした。
過去のログとか、少し検索してみたのですが、話題になっていないようなので、
私だけの問題かなあと思っていました。
何か解決のヒントでもわかるとうれしいです。